Come sopra accennato per il toponimo, il primo insediamento umano, nell'alta Valle Camonica, nella zona dove ora insiste il comune di Ponte di Legno, doveva essere posto ove ora sorge il piccolo e bel borgo di Villa d'Allegno (ora frazione di Temù). Nato certamente come villaggio di pastori, si era poi trasformato in piccolo borgo montano con le caratteristiche case in sassi locali e coperte di lastre di pietra o fascine di legname sottile. Poi, nella stessa località, in epoca più tarda, doveva essersi insediato, durante il dominio romano, uno dei tanti presidi militari che costellavano le vie romane di accesso alle valli e alle zone d'oltralpe.
    Infatti la collocazione strategica, alla confluenza di più torrenti e ai piedi di passi montani importanti (Tonale e Gavia), ha, da sempre, tutte le caratteristiche perché, durante i 500 anni di dominazione di Roma, venisse impiantato un centro di controllo per le vie che conducevano in Val Vermiglio e in Val di Non. Furono i Longobardi a cristianizzare gran parte della Valle Camonica e anche l'alta Valle, dopo essere stata possesso del monastero di San Salvatore, passò, nel 774, dopo la conquista carolingia, al monastero benedettino di San Martino di Tours. Nel documento di donazione vengono nominati, per la prima volta, i monti del Tonale.
    La Valle Camonica divenne successivamente, con altri atti di donazione, per la maggior parte, feudo del Vescovo di Brescia (che assunse il titolo di Duca della Valle) e, in parte minore, feudo del Vescovo di Bergamo.
    Nel 1100 lo stesso Vescovo di Brescia, a sua volta, infeudò in zona, Lanfranco, della potente famiglia dei Martinengo. Il passo del Tonale assunse particolare importanza ai tempi di Federico Barbarossa che (è più leggenda locale che storia provata) nelle sue numerose discese in Italia transitava da questo passo con le proprie truppe e col suo numeroso seguito. Quest'impervio giogo naturale doveva allora essere scavalcato servendosi di una strettissima strada che era collocata a quota ben superiore rispetto a quella del tracciato attuale. Con le alterne vicende e dominazioni, vittorie e sconfitte del Barbarossa e dei suoi successori, assunse potenza in zona (ma in tutta la valle Camonica) la famiglia Federici del ramo di Mù (sembra che il nome Federici, secondo alcuni studiosi, possa derivare proprio da Federico). La sua logica appartenenza alla parte ghibellina, portò a scontri e contese, anche cruente, con chi invece voleva favorire la parte guelfa, alleata del vescovo di Brescia. Chiamati a far da pacieri, i Visconti di Milano, divennero in breve tempo i nuovi padroni dell'intero solco dell'Oglio e di altre valli, e si trasformarono, per loro interesse personale, nei protettori dei ghibellini Federici che aumentarono così la loro influenza, tanto che nel 1410 Giovanni Federici venne nominato conte di Dalegno. Rimasta, per sua conformazione territoriale naturale, piuttosto isolata, l'alta Valle Camonica, non subì particolari violenze e distruzioni, per i repentini e numerosi passaggi di possesso tra Venezia e i Visconti prima e gli Sforza poi.
    Al definitivo passaggio di tutta la Valle sotto la Serenissima Repubblica Veneta, con la pace di Lodi, nel XV secolo, ci fu un relativamente lungo periodo di tranquillità e di pace. La politica della Serenissima era di rispettare gli usi e le consuetudini, nonché alcuni regolamenti e leggi locali, e questi si trovano riportati negli "Statuti" della Valle Camonica, che nel 1498, furono stampati a Brescia dai fratelli Britannico.
    Fu sotto la dominazione della Serenissima che, nello stemma di Ponte di Legno fu inserito il Leone di S. Marco, protettore della Repubblica. Lo stesso leone compare anche tutt'oggi nel gonfalone del borgo. Il 1500 fu un secolo particolarmente buio per l'oscurantismo (religioso e di pensiero) imposto dalla Controrifoma e l'alta Valle Camonica fu teatro di vicende orribili come i numerosi roghi di streghe che si credevano annidiate al passo del Tonale, luogo in cui si riteneva che avvenissero Sabba e riunioni di stregoneria varia. Decine di donne, logicamente innocenti, ma accusate da qualcuno (che poi traeva grandi vantaggi personali, con la spogliazione dei beni dell'accusato, che in buona parte erano assegnati all'accusatore) di essere streghe, furono arse vive a Edolo e altrove in Valle Camonica. Venezia tentò più volte, ma con scarso successo di impedire questa barbarie e fu finalmente posto un freno a questi processi ed esecuzioni barbariche, che comunque costellarono tutto il secolo XV e buona parte del XVI, tanto che, per cercare di contrastare questo triste macello, oltre che bandi e decreti, venne anche appositamente costituita una parrocchia con relativa chiesa, che venne inaugurata il 26 febbraio 1579.
    Tra il 23 e 28 agosto del 1580 San Carlo Borromeo fu in visita apostolica a Ponte di Legno: nelle sue osservazioni e leggendo le relazioni che gli venivano presentate, ebbe modo di esprimere il porprio apprezzamento per il fervore religioso dei Camuni dimostrato nelle pratiche religiose "et in hopere" (di bene) messe in atto in questa estrema zona a nord della valle.
    Nel 1610, nella sua chiara, meticolosa e precisa relazione sulla Valle, il rettore veneto Giovanni da Lezze scriveva, nel suo famoso "Catastico", che la gente dell'alta valle viveva di agricoltura e pastorizia. Funzionavano ben 11 mulini, 2 segherie e 4 fucine che producevano attrezzi, non militari ma per la campagna. Descrivendo la zona di Ponte di Legno veniva anche riportato che: "Contiene nove terre e cioè : Ponte, Pezzo, Precasaglio, Zoanno, Poiano, Villa, Pontagna, Temù e Licanù.
    In un altro dettagliato rapporto, contenuto nella "Descrizione generale", stesa dal capitano di Brescia, Francesco Grimani, risulta che 150 anni dopo la relazione del Lezze, nel 1764, gli abitanti erano 987, ma mulini, fucine, segherie e folli erano in numero invariato rispetto al 1610. Si legge anche che: delle persone valide, 170 lavoravano la campagna, 2 commerciavano, 48 erano artigiani e 18 i mulattieri. Non c'erano né armaioli né carrettieri. Il patrimonio zootecnico era costituito da un centinaio di equini (muli e somari e soltanto due cavalli), 342 bovini da giogo, 3.154 pecore e 19 capre: dimostrazione come l'allevamento, sia di bestiame "grosso" che di quello "minuto", fosse l'attività principale, e principale fonte di sostentamento per i Daligensi.
    Durante il periodo pre-napoleonico (va ricordata la nota ma brevissima Repubblica Bresciana del 1797) e quello del Primo Impero francese, la zona fu teatro di sporadici scontri tra le truppe francesi e quelle austro-russe che in alcune occasioni fecero alcuni tentativi di scendere dal Tonale verso la media Valle Camonica, occupando alcuni piccoli borghi montani, depredandoli e saccheggiandoli, per poi ritirarsi successivamente ancora oltre il confine naturale del Tonale.
    Sotto l'Impero Austro Ungarico, dal 1815 fino alla Seconda guerra d'Indipendenza del 1859, la Valle Camonica passò sotto il dipartimento alpino di Bergamo. Fu, come in tutta l'alta Valle, un periodo in cui vi furono molti danni materiale ma anche lutti a causa di alcuni devastanti incendi. Quelli nel 1817 e nel 1838 distrussero quasi completamente le abitazioni del paese, che erano costruite in buona parte con tronchi di legno e con coperture in assiti (solitamente di larice) resinosi.
    Il terribile ma costantemente presente flagello della fame e quello altrettanto duro e letale delle epidemie, lasciarono lutti e tragedie che colpirono in pratica tutte le famiglie.
    La storia ricorda una sventurata spedizione militare durante la Prima guerra Risorgimentale, nel 1848: una colonna di volontari bresciani salì da Ponte di Legno, dove si erano ritrovati, al passo del Tonale per entrare in Trentino. Erano guidati da un Brichetti di Ponte di Legno ma furono pesantemente sconfitti dagli austriaci che, ritornando, al tremine del breve conflitto, nell'alta valle, imposero subito una leva coscrittoria ai giovani, come avevano fatto i Francesi con i loro genitori, appena quarant'anni prima, ricevendone però un totale rifiuto. Dalle cronache del tempo, è evidenziato che non uno dei coscritti inseriti negli elenchi dei bandi, rispose alla chiamata, malgrado le pesantissime pene previste (deportazione, servizio militare in luoghi lontani come Ungheria e Boemia e anche la pena di morte, anche se questa non fu mai applicata nel Lombardo Veneto per simili reati).
    Nella seconda guerra d'Indipendenza, un battaglione austriaco di 1500 soldati fu accasermato a Ponte di Legno e se ne andò dopo la vittoria franco-piemontese: due anni dopo vi fu la proclamazione del Regno d'Italia e Ponte di Legno ridivenne zona di confine con l'Impero Austriaco.
    Nella Terza guerra d'Indipendenza, nel 1866, essendo proprio una zona di confine, ci furono numerosi disagi, anche a causa delle sconfitte che subirono alcuni reparti di Bersaglieri che, animati di buona volontà ma, condotti malamente e con scarsi mezzi e armamenti, subirono a Vezza d'Oglio una pesante sconfitta.
    Sempre a causa della sua posizione di confine, durante la Prima Guerra Mondiale il paese subì alcuni pesanti bombardamenti che ridussero in macerie l'intero vecchio nucleo abitato. I più terribili e distruttivi furono quelli nel maggio 1916 e nel settembre 1917. La prima linea era poco distante e Ponte di Legno era in pratica nelle immediate retrovie. Furono ancora molti i lutti e le distruzioni specie nell'ultimo anno di guerra, tanto che nel monumento-ossario, la cui prima pietra fu posta dallo stesso Re Vittorio Emanuele III il 4 settembre 1922 (inaugurato poi il 31 agosto 1924), al passo del Tonale furono, e sono, raccolti i resti di più di 800 caduti. Tra le due guerre si visse un periodo di povertà e l'emigrazione fu una costante come in molti altri borghi delle nostre valli.
    Anche durante il secondo conflitto mondiale i lutti provocati dalla guerra furono tanti e sono testimoniati dalle numerose croci alle Case di Viso.
    Queste ricordano che, ormai al termine della seconda guerra mondiale, la Resistenza si protrasse su queste montagne una settimana oltre il 25 aprile, per l'ostinazione dei partigiani nel contrastare le numerose e ancora pesantemente armate colonne militari tedesche che si stavano ritirando verso l'Austria e la Germania.
    Nel secondo dopoguerra Ponte di Legno divenne una delle più note e apprezzate località di turismo invernale e dagli anni '50 anche di turismo estivo. Famoso era il suo trampolino di salti con gli sci, che, tra i primi in Europa, nel 1951, fu sede di gare "senza neve" cioè svolte nel periodo estivo, dove i saltatori atterravano su un prato e non sulla pista innevata.
    Lo sviluppo edilizio dagli anni '70 del 1900, come in molti altri centri di turismo, ha allargato i confini del vecchio centro storico e numerose sono state le ville e condomini disseminati sulle strade che conducono verso il passo del Tonale e verso il passo del Gavia.
    Un'altra impennata edilizia specie nella piana prospiciente l'abitato, si è avuta dagli anni 2000: sono sorte o sono state ammodernate alcune strutture alberghiere ma, sono stati edificati molti condomini e villette a schiera che hanno hanno mutato radicalmente l'immagine del paese che si reggeva sui vecchi alberghi (alcuni spariti e altri trasformati) e le pensioni a conduzione familiare che erano caratteristiche del turismo di inizio secolo.
    Dal 2007 è stato realizzato un grande comprensorio sciistico (denominato "il grande sogno") che collega direttamente, con una nuova funivia, Ponte di Legno con il Passo del Tonale e allaccia anche le piste della vicina Temù: ovunque si è adottato il sistema di innevamento artificiale che consente di anticipare o "allungare" la stagione invernale